Soal dan kunci jawaban ujian seleksi CPNS adalah rahasia negara. Tetapi tata cara teknis pemeriksaan ujian seleksi CPNS adalah sesuatu yang patut diketahui oleh umum, terutama bagi peserta seleksi CPNS yang mungkin masih menyimpan keraguan, apakah keberuntungan berpihak padanya sehingga dapat lulus murni sesuai hasil ujiannya atau posisinya harus tergeser oleh peserta lain yang membayar puluhan juta rupiah kepada oknum-oknum yang berjanji dapat menjamin kelulusan.

Ketika peserta telah selesai menjalani ujian, soal ujian, LJK, daftar hadir dan berita acara pelaksanaan ujian yang telah ditandatangani pengawas akan dimasukkan ke dalam amplop, lalu disegel, dipaketkan, disegel lagi, dan dikirim ke tempat pemeriksaan. Pengiriman tersebut harus segera dilakukan agar panitia di tempat pemeriksaan tidak curiga bahwa LJK yang mereka terima telah diutak-atik (misal: disisipkan, ditambah, diubah, atau diperbaiki jawabannya oleh pengawas).

Apabila panitia pengolahan ujian belum siap untuk melakukan pemeriksaan, maka LJK tersebut diamankan di tempat rahasia yang hanya bisa diakses oleh panitia CPNS dan mendapat pengawalan ketat dari kepolisian hingga tibanya hari pemeriksaan.

Pada saat pembukaan segel paket LJK, bila pemeriksaan bersifat transparan, acara ini disaksikan oleh pejabat dari berbagai unsur, LSM, dan wartawan. Selanjutnya LJK disortir oleh beberapa petugas sortir. Proses penyortiran membutuhkan banyak petugas karena hal ini bersifat manual alias belum dapat dilakukan oleh mesin. LJK kosong dipisahkan untuk dimusnahkan, dan LJK terisi dikelompokkan berdasarkan mata ujian.

LJK terisi yang dikeluarkan dari amplop akan diperiksa kesesuaiannya dengan daftar hadir dan berita acara, dicatat jumlahnya agar dapat disesuaikan dengan jumlah peserta pada hasil akhir. Salah satu poin pemeriksaan adalah kecocokan tanda tangan yang tertera di daftar hadir dengan tanda tangan pada LJK. Selanjutnya, LJK disiapkan dalam tumpukan batch (biasanya per 100-500 lembar) agar penggunaan scanner bisa optimal.

Bila sistem yang diterapkan oleh panitia bersifat merahasiakan kunci jawaban, maka pada saat pemeriksaan LJK menggunakan scanner, operator yang bertugas sama sekali tidak tahu menahu tentang kunci jawaban, tetapi hanya bertugas memasukkan kertas ke dalam scanner dan meyakinkan

bahwa semua hasil scanning terbaca oleh komputer, selanjutnya mengembalikan LJK yang telah di-scan sesuai batch-nya untuk disimpan dalam amplop baru.

Pengamanan di tempat pemeriksaan ujian cukup bervariasi bergantung pada kebijakan yang berlaku. Bila panitia peduli dengan penjaminan kerahasiaan data, maka setiap informasi mengenai nilai maupun peluang kelulusan dijaga ketat dengan mencegah keluarnya informasi dari ruang pemeriksaan, serta melarang pihak-pihak yang tidak berkepentingan untuk berkomunikasi dengan operator atau mendekati komputer yang digunakan untuk pemeriksaan. 

Untuk proses pemeriksaan ratusan ribu hingga jutaan LJK, waktu kerjanya tidak mengenal jam kerja dan hari libur sebagaimana umumnya. Waktu yang tersedia harus digunakan seefektif mungkin, dan siklus kerjanya 18 hingga 24 jam per hari, ada yang dengan sistem bergilir dan ada pula yang tidak. Untuk itu diperlukan operator yang siap dikarantina, memiliki integritas yang baik, dapat menjaga stamina dirinya dan kerahasiaan data yang ditanganinya agar diperoleh hasil pemeriksaan yang akurat dan berkualitas.

Proses pemilihan dan penentuan operator juga tidak mudah. Operator haruslah orang yang telah terlatih menangani pemeriksaan LJK, telah terbiasa menangani permasalahan pada scanner, teliti dalam bekerja dan tidak mudah putus asa melihat tumpukan puluhan meter kubik kertas yang harus diperiksanya dalam waktu yang terbatas. Tuntutan ini sepantasnya didukung pula dengan pemberian insentif yang tinggi kepada operator, utamanya sebagai tameng dari adanya godaan pihak-pihak yang mungkin berusaha mendekatinya dan menjanjikan jutaan rupiah demi mengetahui status kelulusan peserta tertentu hingga usaha intervensi untuk meluluskan peserta tertentu.

Banyaknya operator yang disiapkan harus lebih banyak daripada scanner yang digunakan. Sebagai bagian dari kehati-hatian dan usaha menjaga kualitas data, operator biasanya bekerja berpasangan. Yang satu bertugas menyiapkan LJK yang telah disortir dan memasukkannya ke scanner, dan yang lain bertugas mengoperasikan komputer dan mengamati hasil scanning.

Bagian pengolahan datalah yang selanjutnya bertanggung jawab dalam pemasukan kunci jawaban, dan pencetakan laporan sementara hasil pemeriksaan yang telah dikelompokkan untuk setiap formasi jabatan yang dilamar peserta. Laporan sementara yang belum ditampilkan dalam bentuk peringkat tersebut kemudian diverifikasi oleh pihak yang berwenang, misalnya panitia pengadaan CPNS dari daerah.

Perbaikan yang diusulkan pada tahap verifikasi umumnya disebabkan oleh nomor peserta yang ganda, ketidaksesuaian nama dengan kode peserta pada LJK dengan data induk pada saat pendaftaran, kesalahan pemberian kode formasi jabatan oleh panitia yang membuat kartu peserta ujian, serta ketidaksesuaian formasi jabatan pada laporan sementara dengan formasi jabatan yang dibuka.

Untuk kepentingan verifikasi dan pelayanan bagi pihak-pihak yang berkepentingan dengan hasil pemeriksaan, diperlukan adanya petugas khusus yang dapat menjelaskan dengan baik mengenai proses pemeriksaan LJK yang sedang berlangsung, serta menjelaskan bahwa hasil yang diperoleh adalah murni berasal dari LJK yang diisi oleh peserta. Perang kata-kata antara panitia dari daerah dengan petugas pemeriksa LJK kadang tidak dapat dihindarkan akibat kurangnya pemahaman tentang cara kerja sistem pemeriksaan LJK dengan komputer.

Tekanan yang tinggi biasanya muncul dari pihak-pihak yang kurang puas dengan tidak adanya peluang untuk mengintervensi hasil pemeriksaan, utamanya ketika mereka mengetahui bahwa nomor peserta yang mereka cari tidak tertera pada laporan sementara. Mereka berusaha untuk memuculkan isu terjadinya kesalahan pemeriksaan akibat kelalaian operator, kesalahan perangkat lunak, maupun isu-isu yang lain yang pada intinya ingin agar pemeriksaan tidak berjalan dengan lancar sehingga dapat diulang.

Setelah melalui tahap verifikasi, dicetaklah daftar peringkat hasil pemeriksaan yang terurut berdasarkan nilai dari yang tinggi ke rendah yang dikelompokkan berdasarkan formasi jabatan yang dibuka, serta terurut berdasarkan tingkat pendidikan.

Hasil tersebut akan ditandatangani oleh pihak-pihak yang berwenang, untuk disimpan oleh tim pemeriksa dan baru akan diserahkan pada beberapa hari menjelang pengumuman CPNS. Nama-nama yang dimumkan diambil dari daftar peringkat namun dibatasi hanya sejumlah kursi CPNS yang akan diterima untuk formasi jabatan yang dibuka untuk tingkat pendidikan tertentu. Tidak jarang, bahwa ada formasi jabatan yang sama sekali tidak ada peserta yang lulus. Hal tersebut bukan karena peserta kurang pandai mengerjakan soal, namun lalai dalam mengisi atau menghitamkan LJK pada saat pelaksanaan ujian.